摘要：目的研究2016-2017年鹽城市手足口病病原CVA9型腸道病毒VP1基因分子進化特征。方法對2016-2017年鹽城市疑似手足口病例標本進行病原體分子分型分析;以RT-PCR法擴增CVA9型腸道病毒VP1基因全長編碼區并測序,采用生物信息學軟件進行核苷酸及氨基酸序列比對及基因種系進化特征分析。結果2016-2017年鹽城市共檢測1 002例疑似病例標本,腸道病毒核酸陽性率38.32%,主要型別為EV71型112例(占29.17%),CVA16型94例(占24.48%),其他腸道病毒共178例(占46.35%)。檢出2株CVA9型,其核苷酸、氨基酸同源性分別為94.7%、99.3%,與原型株Griggs(D00627)核苷酸、氨基酸同源性分別為80.4%~81.3%、92.7%;與引起其他癥狀各代表株(包括無癥狀健康兒童攜帶者)的核苷酸、氨基酸同源性為81.1%~97.2%、94.0%~99.3%。遺傳進化樹分析顯示2毒株在C4分支中構成2條明顯的傳播鏈:CVA9/JS-yancheng/122/2016位于單獨的小分支,CVA9/JS-yancheng/419/2016與2016年無癥狀健康兒童攜帶者四川株(LC361283)聚集成簇構成另一傳播鏈。共檢測31例重癥病例,13例腸道病毒通用核酸陽性,陽性率41.93%,其中EV71型11例、CVA型2例。結論2016-2017年鹽城市引起手足口病的CVA9病毒屬于散在流行,非手足口病流行的主要基因型別,與國內部分省市引起手足口病的毒株共進化共循環,與引起其他癥狀類型的CVA9毒株存在差異。