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基于酶約束的代謝網(wǎng)絡(luò)模型研究進(jìn)展及其應(yīng)用

摘要:基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)模型已經(jīng)成功地應(yīng)用于指導(dǎo)代謝工程改造,但由于傳統(tǒng)通量平衡分析法僅考慮化學(xué)計量學(xué)和反應(yīng)方向約束,模擬得到的是理論最優(yōu)結(jié)果,對一些現(xiàn)象如代謝溢流、底物層級利用等無法準(zhǔn)確描述。近年來人們通過在代謝網(wǎng)絡(luò)模型中引入新的蛋白量、熱力學(xué)等約束發(fā)展了新的約束優(yōu)化計算方法,可以更準(zhǔn)確真實地模擬細(xì)胞在不同條件下的代謝行為。文中主要對近年來提出的多種酶約束模型進(jìn)行評述,對酶約束引入的基本思路、酶約束的數(shù)學(xué)方程表示及優(yōu)化目標(biāo)設(shè)定、引入酶約束后對代謝通量計算結(jié)果的影響及酶約束模型在代謝工程菌種改造中的應(yīng)用等進(jìn)行了全面深入的介紹,并提出了已有各種方法存在的主要問題,展望了相關(guān)方法的未來發(fā)展方向。通過引入新的約束,代謝網(wǎng)絡(luò)模型能夠更精確模擬和預(yù)測細(xì)胞在環(huán)境和基因擾動下的代謝行為,為代謝工程菌種改造提供更準(zhǔn)確可靠的指導(dǎo)。

關(guān)鍵詞:
  • 酶約束  
  • 代謝網(wǎng)絡(luò)模型  
  • 代謝工程  
  • 酶動力學(xué)  
  • 熱力學(xué)  
作者:
趙欣; 楊雪; 毛志濤; 馬紅武
單位:
中國科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所中國科學(xué)院系統(tǒng)微生物技術(shù)重點實驗室; 天津300308; 中國科學(xué)院大學(xué); 北京100049
刊名:
生物工程學(xué)報

注:因版權(quán)方要求,不能公開全文,如需全文,請咨詢雜志社

期刊名稱:生物工程學(xué)報

生物工程學(xué)報由中國科學(xué)院微生物所;中國微生物學(xué)會主辦,中國科學(xué)院主管的學(xué)術(shù)刊物,國內(nèi)刊號為:11-1998/Q。創(chuàng)辦于1985年,月刊,在全國同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。其主要欄目有:綜述、動物及獸醫(yī)生物技術(shù)、工業(yè)生物技術(shù)、合成生物技術(shù)、醫(yī)藥生物技術(shù)、組織工程與細(xì)胞培養(yǎng)、生物技術(shù)與方法等。

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